Roku 1602 získal panstvo Čachtice František Nádašdy do dedičného vlastníctva a v nasledujúcomroku ho Ostrihomská kapitula slávnostne uviedla do držby. Z užívania svojho majetku sa však netešildlho, lebo už roku 1604 zomrel. Po Františkovej smrti sa načas stala majiteľkou panstva jeho ženaAlžbeta Bátorička - známa ako krvavá čachtická pani.

Roku 1613 došlo k deľbe panstva na tri časti medzi deťmi Františka Nádašdyho, Pavlom, Katarínoua Annou. Po smrti Anny roku 1617 bola jej čiastka rozdelená medzi Pavlom a Katarínou. Po smrtiPavla Nádašdyho roku 1633 zdedil majetok (polovicu panstva Čachtice) jeho syn František Nádašdymladší, ktorý ju vlastnil až do roku 1670, keď mu bola pre účasť na Wesselényiho sprisahanískonfiškovaná a jeho potomkovia boli zbavený dedičských práv. Novými majiteľmi sa stali katolíckešľachtické rodiny a z panstva Čachtice boli násilne odstránení horliví podporovatelia reformácie.

Krajnianci nemali medzi svojimi zemepánmi po Nádašdyovcoch žiadneho ďalšieho priaznivcareformácie. S prvým veľkým náporom na odovzdanie kostolov v Krajnom, ale i na Myjave, Brezoveja vo Vrbovom katolíkom, sa tunajší evanjelici stretli ešte roku 1669. Obyvatelia sa však svornepostavili proti tomuto nariadeniu a zámer sa nepodarilo uskutočniť. Až stoličná deputácia podvedením Juraja Erdodyho 22. januára 1733 odobrala evanjelikom kostol, faru a všetok cirkevnýmajetok a v Krajnom inštalovala katolíckeho farára. Vtedajší evanjelický kňaz Ján Hradskývykonával istý čas svoje pastierske povinnosti aj naďalej v stodolách a na kopaniciach, aleprenasledovaný musel nakoniec opustiť svoje pôsobisko.

Rok 1781 znamenal koniec viac ako 50 ročného náboženského útlaku, keď tunajší evanjelici nemalimožnosť odbavovať svoje náboženské obrady vo vlastnom chráme. Dňa 29. októbra 1781 vydal cisárJozef II. tzv. tolerančný patent, ktorým povoľoval v Uhorsku náboženskú slobodu aj pre nekatolíckeobyvateľstvo. V roku 1783 prišla do Krajného stoličná komisia, aby vymerala pozemok pre stavbukostola. 10. až 18. októbra 1784 sa uskutočnila posviacka nového kostola. Prvým kňazom obnovenejcirkvi sa stal Matej Mialovič.

Za vlády Jozefa II. sa v Uhorsku v rokoch 1784 - 87 uskutočnilo prvé sčítanie ľudu. V Krajnom žilov 316 domoch 414 rodín s počtom 2199 obyvateľov. Z nich bolo 1949 evanjelikov a.v., 46 katolíkova jedna 7 členná židovská rodina.

Roku 1786 po smrti Mateja Mialoviča prišiel do Krajného Pavel Štefánik st., rodák zo Senice, ktorýtu pôsobil 45 rokov až do svojej smrti. Po ňom nastúpil jeho syn Pavol Šefánik ml., ktorý úspešnebojoval proti pliage tých čias - alkoholizmu a v Krajnom založil roku 1846 spolok miernosti. Za jehopôsobenia sa v našom kraji odohrali významné historické udalosti v uvedomení slovenského národa.Hurbanovské povstanie roku 1848 našlo v Krajnom veľkú podporu. Krajné malo šťastie na národneuvedomelých farárov a učiteľov, ktorí vedeli udržať slovenské povedomie svojich cirkevníkov aj včasoch silnejúcej maďarizácie.

Po smrti Pavla Štefánika ml. bol vyvolený za farára Ján Boor, známysvojou dobrovoľníckou minulosťou, za ktorú si odsedel 16 týždňov vo väznici v Nitre. Bol dobrýmrečníkom a neohrozene sa staval proti maďarizačnému tlaku v evanjelickej cirkvi. Po Jánovi Boorovibol za farára vyvolený jeho syn Ľudovít a pôsobil tu až do roku 1895. Jeho nástupcom sa stalvynikajúci národovec a cirkevný spisovateľ Michal Bodický. Krajnianska fara sa v týchto rokochstala azylom národne orientovanej inteligencie. Slovenský národný život v období pred I. svetovouvojnou bol maďarskými úradmi všestranne dusený. Apponyiho školskými zákonmi sa nanútilamaďarčina aj do ľudových škôl a zdalo sa, že sa začnú napĺňať sny Maďarov o jednorečovomUhorsku.